O acúmulo de suor e a descamação da pele da região peniana podem deixar uma substância esbranquiçada, chamada esmegma, que tem odor forte. Para evitar maus odores, é importante lavar o pênis por completo durante o banho. A pele do prepúcio deve ser retraída para exposição completa da glande e a limpeza deve ser feita com água corrente e abundante. O uso de sabonetes na região da glande não deve ser exagerado para não haver eliminação das defesas da flora bacteriana natural. Depois do banho, é importante secar bem o pênis e os entornos e, se possível, deixar a pele “respirar” por alguns minutos antes de colocar as roupas. Muitos homens possuem excesso de pele no genital (o chamado prepúcio), o que torna a retração um pouco difícil, principalmente quando o prepúcio não apresenta elasticidade suficiente para a completa exposição da glande (quadro que caracteriza a fimose). Nestes casos, a higiene adequada será impossível, e as chances de instalação de doenças inflamatórias e infecciosas aumenta bastante. Quando isso acontece, acaba sendo necessário a realização da postectomia (a cirurgia em que se retira o excesso de prepúcio para tratamento da fimose).