Uma má alimentação também pode levar ao enfraquecimento do sistema imunológico, pois pode haver alteração da acidez do estômago, ajudando a instalação de infecções e reduzindo a absorção de muitas das vitaminas e minerais dos alimentos que desempenham funções muito importantes no fortalecimento da imunidade.
Por exemplo, os anti-oxidantes como a vitamina C, a vitamina E, o selênio, o cobre ou o zinco, são muito importantes para neutralizar os danos causados pelos radicais livres no organismo, além de participarem na formação de células T, linfócitos e outros componentes importantes do sistema imunológico. Já as vitaminas A e D, quando em quantidades abaixo do normal, estão relacionadas com um aumento do número de infecções e de falhas no sistema imune.
Quanto às vitaminas do complexo B, se estiverem em falta no corpo, podem levar à redução da resposta antigênica e à redução na formação de anticorpos e linfócitos, que são essenciais para o sistema imunológico.