Manuel de Borba Gato nasceu em São Paulo, em 1649. Seus pais eram da Ilha Terceira e se estabeleceram na então capitania de São Vicente na década de 1630. O pai, João Borba Gato, participou de bandeiras.
Igualmente, seu tio, Belchior de Borba Gato, era um desbravador do sertão paulista e mais tarde se envolveu na revolta contra os jesuítas e na Aclamação de Amador Bueno (1641). O jovem Manuel Borba Gato se tornaria bandeirante e se casou com Maria Leite, filha do "Caçador de Esmeraldas" e índios, Fernão Dias Pais.